Saca una captura para estar seguro, pero creo que va a ser las opciones de subtitulos del MPC, que es el único que me hizo eso.
En el MPC mirate en las Opciones, en el apartado de Subtítulos, en Estilo Predeterminado, que esté con Check y no con el cuadro la opción "Posición de los subtítulos relativa al tamaño del cuadro de video", porque eso cambia la referencia de los márgenes de los subtítulos y es por eso que se pueden descuadrar o ver mal.