Pues hale, ya lo tienes solucionado 
Puede que estuviera relacionado con los Ordered Chapters. Porque todo lo que hemos sacado sacado en los últimos años, o si te has bajado alguna cosa de Ñyuum, tienen encodes similares, y el OC es lo único diferente. Y siempre ha dado mucha guerra, así que no me extrañaría que fuera por eso.
A saber pero lo dicho, como solo me ha pasado, única y exclusivamente con este proyecto una vez termine Naruto se acabó xD.
P.D.: Los OC no creo, a día de hoy lleva OC casi todo de un montón de fansubs pero bueno, lo dicho, a saber.
Yo me he pasado 100% a mpv de una puta vez porque estoy hasta las narices de los errores de mpc....
Creo recordar que yo en diferentes épocas he llegado a probar todos los conocidos, termino volviendo al MPC-HC siempre por una razón.... volumen, uso cascos y me pasa con cierta frecuencia que el volumen máximo no me llega con otros reproductores (si, me refiero a por encima del 100%), los que uso desde hace año y pico le pasa menos, que de hecho yo no veía nada en Netflix o similares antes por ese mismo motivo, no me llegaba el volumen para oírlo bien.
A día de hoy y hasta que MPC-HC muera del todo (lo dieron por muerto sus DEVS hace 4 años o así) es el que uso, y tengo VLC instalado solo para revisar clips de gameplay cuando grabo alguno, es el único que he conseguido usar un .bat para hacer algo muy curioso, poder reproducir las 2 pistas de audio del archivo a la vez.
(útil para revisar de forma rápida sin meterte en Vegas o similares)
start "" "C:\Program Files\VideoLAN\VLC\vlc.exe" --sout-all --sout #display %1%
