Hmmm, este no es el subforo adecuado para este tema. Tendría que estar en diseño, a ver si algún moderador lo puede mover, plz.
Ahora mismo no puedo pararme a dar una explicación exhaustiva, pero intentaré resolver tus cuestiones al vuelo:
Respecto a lo primero que preguntas, varios puntos:
-El *mp4 es un contenedor, una extensión. No es un codec, y por eso es normal que no te salga en la lista de codecs. El codec de los mp4 suele ser el x.264 (libre) o el h.264 (propietario)
-Aunque se puede encodear en AE es recomendable no hacerlo: Poner los parámetros es un auténtico engorro, y de las incompatibilidades del programa ya ni hablamos. Ten en cuenta que es un programa profesional pensado para la industria, y que para comprimir las versiones finales utilizan otros softwares o procedimientos. Lo mejor que puedes hacer es sacar el video sin compresión (ojo, puede llegar a ocuparte varios gigas de datos) y utilizar otro programa para encodearlo. De estos programas quizás el más simple sea el MeGUI.
Respecto a los plug-in que usamos, pues de todo un poco: Trapcode, Sapphire, Panopticum, Kharg usa el Particle Illusion (que es un programa a parte)...etc. Básicamente utilizamos cualquier plugin con el que podamos trastear y quede bien.
Un Saludo