Para cortar el audio necesitas
split_aud.pl y hacer un bat:
perl split_aud.pl -mvr -f 24000/1001 -i "Audio entrada.aac" -o "Audio Cortado.mka" "Trims01.avs"
En Trims01.avs está la línea de trims del avs que utilizas para encodear. Tienes que tener Activeperl y MkvMerge instalados.
En cuanto a filtros te recomiendo GradFun2DBMod (banding), Freezeframe (cambios de escena de animes viejos), TComb (rainbows), Vinverse (combing residual), DeDot (dotcrawl) y Spline64 (para redimensionar).