Algunos deciden verla por orden de emisión, porque los arcos vienen mezclados y no sé qué más. Yo, por otro lado, prefiero el orden cronológico, así no te pierdes nada. El problema es que entonces tras el primer arco, que es el mejor de todos, el resto te parece un poco flojo. Pero vaya, no te pierdes cosas que viéndola en orden de emisión puedes perderte. xDD
No creo que nadie se pueda perder nada viéndola en orden de emisión, para ser claros, Haruhi no es una serie que tenga una gran profundidad argumental. La única historia realmente buena que tiene, y que haya sido animada, es la de la película, el resto son bastante "meh". Yo vi primero tal y como fue emitida en 2006 y, a partir del capítulo 4 queda bastante claro como funciona la serie y me parece prácticamente imposible perderse, más difícil aun teniendo en cuenta que al final de cada capítulo los propios personajes decían qué capítulo iba a ser el siguiente.
Como bien dices, de la serie, el primer arco es el mejor, y verlo de manera cronológica hace que, en mi opinión, una serie normalita tirando a decentemente buena se convierta en una mediocre tirando a mala. La primera temporada se emitió de esa manera por algo, para confundirte al principio, y que hubiera una historia que recorriera toda la primera temporada, ya que las novelas 2 y 3 (que también adapta la serie) son básicamente una reunión de historias sueltas, que en la serie se van intercalando con la principal, (que sería la de la primera novela).
En resumen, que a mi la opción correcta, o en la que hay mas posibilidades de disfrutar de la serie, siempre me ha parecido que sea la del orden de emisión. Aunque entiendo que si vosotros ya habéis puesto la versión de 2009 que se emitió en cronológico, sea pesado para alguien ponerse a renombrar y reordenar los capítulos xDDD.