Pues la mejor opcion, si usas Windows, es instalar el CCCP en su ultima version, ese lleva los ultimos codecs que se estan utilizando para video.
En ese Pack viene incluido el Media Player Classic - Home Cinema, que en conjunto con el pack de codecs sirve para repriducir una gran cantidad de formatos.
Ahora mismo aqui en el Fansub se utilizan los Ordered Chapters, y los encodes de video H264 a 10-bits, y con el MPC se reproducen muy bien.
El VLC es bueno, pero tiene problemas con los MKV, y mas si llevan OC o los famosos encodes a 10-bits, pero en el desarrollo del VLC todavia no se ha implementado, mucho menos a las versiones estables.
El MPC te sirve tanto para ver videos, pelis, DVD's y mucho mas contenido multimedia, te recomiendo que lo instales pero si ya, jejejee.
Saludos.
PD: aah, mardito Spamer Ryuuji, te me adelantaste...