Programas hay muchos, pero siendo un estandar el resultado es el mismo, algunos se se utilizan por linea de comandos, y en cada SO hay herramientas de este tipo, es cuestion de buscar un poco y usar el que mejor te parezca, pero uno de los mas sencillos y que checa diferentes tipos de checksums es el
HashCalc.
El checksum que normalmente se usa en capitulos de anime es el CRC32, asi que solo basta con activar la verificacion de este tipo de checksum en el HashCalc y arrastrar el archivo a checar, y con esto puedes saber se es correcto o no.