Buenas gente, resulta que soy un encoder mas bien noob pero quería editar en After effects y no sé como hacer para poner el video en un formato reconocible ya que está en mkv y ese formato AE no lo reconoce 

He probado mirando un video de por ahí de you tube pero no me va por que la pelicula tiene audio en FLAC.
Por favor, ¿alguien podría decirme alguna manera mas sencilla de añadir el video a AE y posteriormente encodearlo de forma correcta? 

Siento si esto no va aqui pero no sabía donde ponerlo

Saludos a todos y garcias de antemano