Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami son desplegadas en el espacio exterior por Misato Katsuragi para recuperar la unidad 01, la cual ha sido sellada en un sarcófago orbital con forma de tesseract. Durante la operación, las dos son emboscadas por la serie Nemesis, ángeles artificiales al servico de SEELE. Mari pierde altitud, dejando sola a Asuka en el enfrentamiento contra la serie Nemesis. Cuando Asuka le suplica a Shinji que haga algo, un rayo es disparado desde el interior del sarcófago, destruyendo a los Nemesis. La unidad 01 vuelve a quedar inactiva mientras Asuka desciende a la Tierra con ella. En la Tierra, Kaworu Nagisa observa y señala que está emocionado por conocer a Shinji.

Shinji es recuperado del interior del núcleo de la unidad 01 y retornado a su forma física por WILLE, una organización fundada para destruir a NERV y sus Evangelions. Sakura Suzuhara le practica un exámen físico y después recibe una fría bienvenida por parte de todo el mundo, incluida Misato, la líder de WILLE. Antes de que Shinji pueda obtener alguna respuesta, WILLE es atacada por cuatro unidades némesis más. WILLE consigue hacer despegar el Wunder, un acorazado flotante construido sobre una base biológica y adiciones mecánicas, al igual que los Evas. El Wunder es atacado por cuatro unidades Nemesis más, pero el acorazado las destruye a todas.

Después de eso, Shinji se entera de que la unidad 01 ha sido reacondicionada para actuar como la fuente de poder del Wunder, y se percata de que le han colocado un collar en el cuello. Ritsuko le cuenta que nunca debe pilotar un eva de nuevo, y que la bomba de su collar detonará si alguna vez lo intenta. Ritsuko le entrega su viejo reproductor SDAT, el único objeto que se recuperó de la unidad 01. Sakura Suzuhara se presenta como la hermana menor de Touji Suzuhara, lo cual confunde a Shinji. Asuka, la cual ahora tiene un parche en el ojo izquierdo, le cuenta que han pasado 14 años mientras él estaba atrapado en la unidad 01. El Evangelion Mark 09, aparentemente pilotado por Ayanami Rei, intercepta e irrumpe en el Wunder para recuperar a Shinji. Mari se las arregla para decapitar a la unidad Mark 09, pero esta continúa funcional y escapa.

Rei guía a Shinji a través de las ruinas del Geofront hacía los cuarteles generales de NERV, donde se reune con su padre, Gendo Ikari, el cual le informa de que está allí para pilotar un nuevo Evangelion junto a Kaworu, la unidad-13. Mientras explora el Central Dogma, Shinji descubre que Rei no tiene ningún recuerdo, tiene un entendimiento muy limitado del mundo y sólo hace lo que se le ordena. Kaworu invita a Shinji a tocar un dueto de piano, durante el cual los dos se unen y conocen. Shinji le da a Kaworu el reproductor SDAT, y Kaworu le promete que lo arreglará. Él día siguiente Kaworu le muestra a Shinji las ruinas de la post-apocalíptica Tokyo-3. Kaworu informa a Shinji que el despertar de la unidad 01 causó el tercer impacto, el cual mató a todo el mundo en la ciudad y arruinó el futuro del mundo.

Kaworu explica la naturaleza del plan de complementación humana ante el horror de Shinji: exterminando toda la vida en la Tierra, una nueva vida nacida del "fruto de la vida" puede ser creada. Fuyutsuki invita a Shinji a jugar al Shogi, como un pretexto para revelarle que su madre, Ayanami Yui, está sellada dentro del núcleo de la unidad 01 y que Rei pertece a una serie de clones de Yui; la Rei que le trajo de vuelta a Tokyo 3 es una Rei completamente distinta a la Rei que él conoció antes del tercer impacto. Esta revelación conduce a Shinji a una crisis emocional. Kaworu le quita el collar a Shinji y se lo coloca en su propio cuello como gesto de confianza, después explica a Shinji como podrán arreglar el daño causado por el tercer impacto; pilotarán la unidad dentro del Terminal Dogma y usarán las lanzas de Longinus y Casius para deshacer el tercer impacto.

Shinji y Kaworu entran en la Unidad-13 y descienden al Terminal Dogma, con Ayanami acompañándoles en el Mark 09. Asuka y Mari llegan para detenerlos. Cuando la unidad 13 alcanza el cadáver de Lilith y a la unidad Mark 06, Kaworu se da cuenta de que algo anda mal. Las dos lanzas son de Longinus. A pesar de las súplicas de Asuka y Kaworu, Shinji libera las dos lanzas. En ese momento el Mark 09 decapita al Mark 06 para liberar al décimo ángel, el cual es absorvido dentro de la Unidad-13. Mientras Gendo Ikari desactiva los monolitos de SEELE que le van deseando suerte y mostrando aprobación por su plan, una luminosa Unidad-13 se alza hacia el cielo. La puerta de Guf se abre, ha comenzado el cuarto impacto.

Kaworu se revela a sí mismo como el primer ángel, ahora degradado a ser el decimotercero. El collar siente el poder de Kaworu y se activa. Rei permanece indefensa en el Mark 09 y se convierte en un "recipiente de Adam" tratando de recuperar el Wunder para SEELE, sus dueños originales. Asuka carga contra el Mark 09 usando el modo bestia y lo destruye usando el mecanismo de autodestrucción de la unidad-02, momentos después de que Rei se eyectara en su plug. Shinji ve como Kaworu se sacrifica siendo decapitado por el collar para detener el cuarto impacto. Mari intercepta la Unidad-13 en el aire liberando el plug de Shinji. La Unidad-13 y la Unidad-08 caen al suelo. WILLE se retira después de recuperar las unidades 08 y 02, mientras Gendo apunta que el resultado"será suficiente por ahora". Después de un periodo de tiempo desconocido Asuka encuentra el Entry Plug de Shinji y lo arroja a un desierto rojo, con Rei siguiéndoles a "dónde están los Lilim".

¿Qué es la maldición de los EVAS? ¿Are you fucking kidding me? No se da una explicación a por que Asuka o Mari no han crecido ni ninguna pista, simplemente han soltado esa chorrada xD

Si WILLE se queda con el EVA-01, ¿cómo cojones se inicia el cuarto impacto? Se supone que el EVA-01 era una pieza clave y necesaria porque estaba creada de la carne de Lilith y es la única copia, pero luego sacan al EVA-13 que es básicamente un Shogoki con 4 brazos y parece que no tiene problemas tampoco en iniciar impactos.

¿Dónde coño está Kaji?

¿Qué vergas es una lanza de Casius? ¿En qué momento se menciona eso? xDD