Como extra te dejo mi lista de programas usados:
-DGIndex (programa para indexar .TS y extraer audio original, incluida la dll para Avisynth)
-DGAVCIndex (programa para indexar .M2TS y extraer audio original, incluida la dll para Avisynth)
-ffmsindex (indexar archivos de video, plugin de Avisynth que lleva dll y el programa)
-Avisynth
-ffmpegsource.avsi (script para Avisynth con funciones)
-FFMS2.avsi (otro script con mas funciones)
-paste_pack (script con funciones para hacer overlays de videos e imágenes)
-y 40 dll's de plugins mas que no nombro porque se me va la vida solo con mencionar que son.
-AVSPmod (Para hacer y previsualizar .avs)
-VirtualDub (para sacar cortes para los editores y hacer raws para timear)
-ActivePerl (de hecho yo tengo StrawberryPerl, es para usar el script para cortar audio)
-x264 (de 8 y 10 bits de color)
-eac3to.exe (para convertir el audio PCM de los BD a Flac)
-split_aud.pl (scripts que se usa para cortar el audio extraido segun los trims del avs)
-mplayer2 (para reencodear audio a mp3 para cargarlo en aegisub, costumbres mias)
-AVIMux (que lo uso para hacer Chapters para cuando son OP y ED separados)
-Aegisub (lo uso para ver los i-frames y ver su tiempo para los chapters)
-MKVmerge (para unir todo?)
.bats para ahorrar trabajo, solo arrastrar el archivo correcto y hace el trabajo sin preguntar nada:
-audio_flac.bat(para pasar el audio de PCM a flac)
eac3to.exe %1 "%~dpn1.flac" -2 -24 -big
-audio_split.bat(corta el audio, tengo 2 versiones ya que es diferente si la fuente es entrelazado o progresivo)
perl "%~dp0split_aud.pl" -mr -f 30000/1001 -i %1 -o "%~dpn1.final%~x1" %2
-audio_mp3.bat(para sacar audio para aegis)
mplayer2.exe %1 -novideo -ofps 24000/1001 -oac libmp3lame -oacopts ab=128k -o "%~dpn1.mp3"
-encode.bat(con 2 versiones, la que es para TV y la que es para BD)
x264_10_m --level 5.0 --preset placebo --crf 17 --aq-mode 3 --aq-strength 0.80 --tune animation --keyint 240 -o "%~dpn1.mkv" %1
-Tengo mas, ya que tengo otros programas para facilitar cosas como el reencodeo de partes cuando ya está el capítulo encodeado y así no tener que encodear de nuevo todo.
-Además que me gusta la programación Batch y mis bat son mucho mas complejos que eso, ya que verifican la existencia de archivos y otras cosas.
-Estos comandos no te serviran de mucho si no sabes programación batch y si no sabes que pasos hay que hacer para encodear como lo hago yo, solo están de muestra para que te des una idea de que se puede llegar a necesitar.