Buenas noches a todos espero que con su gran experiencia me puedan ayudar con esta pequeña duda.
Últimamente extraje con el MKVcleaver unos subtítulos de varios archivos mkv, hice las correcciones que quería en estilos, tiempos y otros errores con el Aegisub. Lluego abrí el mkvmerge GUI agregué el archivo mkv original y el nuevo archivo de subtítulo, desmarqué la casilla del subtítulo anterior, especifiqué el idioma del nuevo subtítulo y a multiplexar se dijo!. El problema es que siempre que realizo esta acción hay una pérdida en el tamaño del archivo mkv original (aunque casi siempre son 30kB), y comparándolo con las modificaciones que ustedes realizan a través de sus parches, no hay cambios apreciables en el tamaño de sus archivos.

Me gustaría saber si estoy haciendo algo equivocado, hay otro método o alguna especie de "truco" para que no se dé esta pérdida en mis archivos mkv, ya que me genera cierta desconfianza con respecto a la nueva calidad del archivo.
Agradezco vuestra colaboración!!