Una cosa son los ataques, otra cosa son los Karaokes, primero di que quieres hacer, para poder ayudarte mas.
Con Aegisub se pueden hacer Karaokes de al menos 3 formas, por templates para Karaoke Templater, con KaraEffector, directamente en LUA definiendo tags. En cualquier caso se trabaja un poco similar, y el resultado obtenido depende de la imaginación para crear/aplicar efectos sobre las sílabas/palabras/líneas.
A mi personalmente se me hace mas complicado hacer algo en After Effects, ya que no lo se manejar, no se usar los plugins y al final los karaokes que hago terminan siendo muy simples sin nada interesante.
Para efectos de ataques, si, es mucho mas fácil hacerlos en After Effects, ya que animar un solo texto es mas sencillo que multiples líneas con tiempos pequeños en caso de las sílabas.