Vas a editar carteles en AE?? Que otros programas usas??
Lo que puedes hacer es con VirtualDub sacar un corte de la parte a editar y guardarlo con el codec Lagarith dentro de un .avi para que el AE lo abra sin problemas.
Luego de editar solo guardas lo editado sin el fondo usando el mismo codec Lagarith y se encodea haciendo el overlay de lo editado sobre el original.
Si la raw que tienes es MKV seguramente ya ha sido encodeada de BD, y si no quieres perder calidad no se debería encodear de nuevo completamente, solo las partes que llevan edición y unir todo.
Otra manera(una burrada pero a las malas puede ser una última opción) es guardar todo el video con el codec Lagarith y abrirlo en AE, y al terminar de editarlo se renderiza completo usando el H264, aunque hay que mover algunas opciones y va a tirarse la vida en renderizar todo.