Bueno, despues de media horilla analizando el sistema de descarga de mega he llegado a una conclusion: es una puta mierda.
Lo que hace es almacenar vuestro archivo a descargar en algo parecido a una cookie o al menos esta relacionado. Al ver que mega descargaba el archivo y despues me pedia donde guardarlo, me entro curiosidad por saber donde lo guardaba temporalmente, asi que me puse a divagar por internet con mis conocimientos informaticos

Despues de media hora buscando mierdas llegue a la conclusion de que era algo nuevo de HTML5 que trae un API nuevo que se llama Filesystem o algo asi. Pues bien, con este sistema,
hasta que no limpieis las cookies del navegador seguireis teniendo el archivo descargado en vuestro PC(osea, doblemente descargado, ahi chupando sitio, ya que al guardar el archivo, se copia, no se mueve). Pero claro, yo soy un tio chungo y no quiero negrear tanto, que para borrar un solo tengo que borrar todas mis cookies de hace "x" tiempo, asi que busque y busque y encontre donde estaban los archivos que te creaba esa API de html5:
C:\Users\
(nombre de usuario)\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\File System
Reemplazad el nombre de usuario por vuestro user de windows, o id a mano vaguetes :P
Ahi tendreis varias carpetas, dadle a propiedades, hasta que encontreis una que ocupe lo mismo que pone al seguir estos pasos:
-1º entrar en
chrome://settings/cookies <<< copiadla y pegarla a mano porque chrome se traga los 2 puntos.
-2º filtrar con "mega"
-3º mirar la cantidad de megas, por ejemplo, para mi es:
Origen: https://mega.co.nz/
Almacenamiento permanente: Nada
Almacenamiento temporal: 80,9 MB
Y esa carpeta sera la carpeta donde mega almacena su mierda, concretamente para mi es:
C:\Users\chikitown\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\File System\004\t\00
Un saludete y espero haberos servido de ayuda.

PD: Tambien se pueden borrar desde la url del paso 1, pero personalmente prefiero saber donde estan concretamente en mi PC.